Не имеют ничего общего между собой дешифровка исторических систем письма (в частности, майя) и дешифровка секретных шифров. В древних текстах знаки стоят в обычном порядке, но чтение их забыто, а язык либо неизвестен, либо сильно изменился. В шифрованных записях известные знаки замещены другими, порядок их смешан, а язык должен быть известен. Таким образом, общим при обеих дешифровках можно назвать лишь конечный результат - достижение понимания записанного текста. Все остальное различно: и общая научная подготовка дешифровщика, и необходимый для обработки объем текста, и методологический подход.

Дешифровка проводилась на основе трех сохранившихся иероглифических рукописей майя - Парижской, Мадридской и Дрезденской. Оказалось, что в текстах всех трех рукописей встречается 355 самостоятельных знаков. Это позволило Кнорозову определить тип письма как фонетический, морфемно-силлабический - то есть каждый знак майя читался как слог. Слоги могли быть следующих типов:

- гласный;

- гласный-согласный;

- согласный-гласный;

- согласный-гласный-согласный.

Для удобства исследования текст приходится рассматривать как ряд морфем, расположенных в последовательности, свойственной данному языку. Как известно, все морфемы делятся на корневые и служебные. С помощью служебных морфем образуются словоформы и осуществляется связь между словами в предложении. Надо заметить, что в одной словоформе редко бывает более пяти морфем. Каждому ясно, что служебных морфем в языке очень мало по сравнению с корневыми. Поэтому частота наиболее употребимых служебных морфем в обычном тексте должна намного превышать частоту корневых морфем.

По своей позиции в строке иероглифы были разделены на шесть групп. Проанализировав их сочетаемость с переменными и полупеременными знаками, Кнорозов сумел выделить иероглифы, передававшие главные и второстепенные члены предложения. Стало ясно, что переменные знаки в составе иероглифов должны были передавать аффиксы и служебные слова (частицы, предлоги, союзы).